Kantor Regional XI BKN di Manado dibentuk berdasarkan Peraturan Kepala Badan Kepegawaian Negara No. 14 Tahun 2006 tanggal 29 Maret 2006 dan secara operasional melaksanakan tugas dan fungsinya mulai januari 2007.
Dalam kegiatan operasionalnya Kantor Regional XI BKN awalnya masih menggunakan gedung Provinsi Sulawesi Utara. Sejak 30 Maret 2009 gedung baru Kantor Regional XI BKN yang Jl. A.A. Maramis Km. 8, Kelurahan Paniki Bawah Kecamatan Mapanget Kota Manado telah digunakan.
Kantor Regional XI BKN mencakup 3 wilayah kerja yaitu wilayah Provinsi Sulawesi Utara, Provinsi Gorontalo, dan Provinsi Maluku Utara
| No | Nama | Masa Jabatan |
|---|---|---|
| 1 | Drs. Farel Simarmata, M.Si. | November 2006 – Agustus 2008 |
| 2 | Usman Gumanti, S.H., M.Si. | Agustus 2008 – Juni 2011 |
| 3 | Yulianus Tandi, S.H., M.Si. | Juni 2011 – Desember 2013 |
| 4 | English Nainggolan, S.H., M.H. | Desember 2013 – September 2018 |
| 5 | Wakiran, S.H., M.H. | September 2018 – November 2020 |
| 6 | Dedi Herdi, S.H., M.Si. | November 2020 – Oktober 2023 |
| 7 | Dr. Akhmad Syauki, S.H., M.H. | Oktober 2023 – Sekarang |